馬可夫鏈是一串狀態的轉換機率，從A狀態到B, C, D...狀態的機率分別是多少、B到A, C, D...狀態又多少....

在計算時，當然是由最高機率的下去算。在理想狀態下，不可能的組合，會被排在最後面算，簡單地說就是不會被算到。因為你算到不可能的組合前，就知道已經到了低機率的串鏈，後面的可以棄置。當然這是你可以準確設定適合狀態，且算出合理機率的情況。

用馬可夫鏈來算蛋白質折疊的效率如何我不清楚。但 google 應用馬可夫鏈來顯示你最想要的搜尋結果，效果相當不錯，通常你想搜尋的網頁，在第一頁就顯示完了。

雖然你搜尋時會出現說有幾百萬、幾千萬個結果，但只有前面一部份有真正排序，後面幾萬的，都因機率太低被棄置了。